Trojaner-Board - Virenfreie Neuinstallation Windows7

Hallo zusammen,
vor einiger Zeit hat mir mein Avira Antivirus einen Virenbefall sowohl auf meiner Systemfestplatte als auch auf einer externen Backup-Festplatte gemeldet. Ich hatte damals die entsprechende Datei isoliert und gelöscht.
Jetzt möchte ich mein System komplett neu aufsetzen und in diesem Zusammenhang Windows 7 auf eine neue SSD installieren und meine bisherige interne Festplatte nur noch für Daten benutzen. In diesem Zusammenhang möchte ich vermeiden, dass ein möglicherweise noch irgendwo verborgener Virus mitgezogen wird.
Dazu habe ich mir folgendes Vorgehen überlegt:
1. System-Scan mit Avira: habe ich bereits gemacht (inklusive externer Festplatte); kein Virenfund
2. Formatieren der externen Festplatte: Hier gehe ich davon aus, dass ein Formatieren alle Viren beseitigt; den MBR muss ich, soweit ich das verstanden habe, nicht anfassen, da von dieser Platte nicht gebootet wird.
3. Exportieren meiner Daten auf die externe Festplatte
4. Danach will ich meine Systemfestplatte neu aufsetzen. Momentan habe ich zwei Partitionen (Daten/System) drauf. Zukünftig will ich eigentlich nur noch eine für Daten. Hier ist mir noch nicht ganz klar, wie ich das mache. Außerdem weiß ich auch nicht, ob ich den MBR dieser Platte löschen soll. Ich habe gelesen, dass man über die Windows 7 Installations-DVD (Computerreparaturoptionen/Eingabeaufforderung) mit bootrec.exe /FixMbr dies machen kann. Hier kann man wohl auch die Platte (Partition?) mit format c: formatieren. Aber da bin ich mir einfach unsicher. Ziel ist, dass die Platte eine Partition hat und leer und frei von möglicherweise noch versteckt vorhandenen Viren ist.
5. Danach würde ich die SSD einbauen und Windows 7 aufspielen (muß ich da was beachten, wenn ich zwei Festplatten habe?)
6. Schließlich würde ich die Daten von der externen Festplatte zurückspielen auf die interne Daten-Platte.
Macht das so Sinn?
Vielen Dank schon im voraus für die Hilfe