Ich würde hier angesichts des Rootkit Befalls und der Tatsache, dass die Kiste nie gepatcht wurde eine Neuinstallation empfehlen. Deinem Vista fehlen jegliche Updates, also Service Packs plus Patches, die ein SP2 erfordern, alle Updates zusammen schließen locker Tausende von Sicherheitslücken.

Vllt willst du bei der Gelegenheit gleich auf ein aktuelleres Windows umsteigen, oder mal Linux eine Chance geben. Es muss nicht immer auf Biegen und Brechen Windows sein. Dein Vista, selbst mit SP2, wird auch nur noch bis 2017 mit Updates versorgt, dann sieht es nämlich aus wie jetzt mit WinXP.