Das würde ich eigentlich ungern machen. Also nur als letzter Ausweg, wenn gar nichts anderes mehr geht...
Gibts nicht noch andere Möglichkeiten, die weniger offensiv sind?

Wenn du immer wieder Probleme hast liegt vermutlich ein Sicherheitsproblem vor. Entweder dein Surfverhalten, nicht ausreichende Pflege des Systems oder wie bei manch anderen Filesharing.

Einen Neuinstallation ist in 3 Stunden erledigt. Nicht das ich mir nicht die Zeit nehmen würde für eine Desinfizierung aber wenn das System immer wieder nach einer Bereinigung die selben Probleme hat, dann ist es auch für dich sicherlich besser neuzuinstallieren und anschließend das System abzusichern. Dann hast du wieder Ruhe.