Also ich will mir mal Rat holen, bevor ich wieder was falsch mache, ich kenn mich ja

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Ich habe zwei Festplatten. Auf der einen sind zwei Partitionen, die primäre ist mit meinem infizierten Windows, auf der andere liegen meine Daten. Auf der zweiten Platte hab ich nun ein neues Windows installiert. Soweit so gut. Nun meine Frage. Kann ich jetzt die primäre Partition der ersten Festplatte löschen oder formatieren ohne das dabei Schaden an meiner sekundären Partition und meinen Daten anrichtet? Ich hoffe doch! Wie stelle ich das an? Verwende ich dazu meine WinXP-CD oder starte ich einfach das andere Windows und formatiere dann? Die Frage klingt vielleicht blöd, aber ich will nur sichergehen wieder nix falsch zu machen. Also hat wer einen schlauen Tipp? Danke