Schädlinge zu entfernen ist nie einfach! Insbesondere in Deinem Fall, Du hast da soviel Mist am Laufen, dass ich den Erfolg einer noch so gründlichen Bereinigung bezweifeln muss. Abgesehen davon, dass eine manuelle Bereinigung immer die Gefahr birgt, dass Malware übersehen und damit nicht entfernt wird.
Übrigens ist die Datei wincqt32 ein Backdoor-Trojaner, da ist das Neuaufsetzen grundsätzlich angesagt.

Ich habe eine esxterne Festplatte die nur ab und zu läuft muss ich da auch alles löschen???

Ich habe viele wichtige sachen auf meinem rechner wie kannich die retten???

Es sollte reichen, die Systempartition zu formatieren und dann Windows neu aufzuspielen, genaue Vorgehensweise hier.
Die Daten auf der ext. Platte solltest Du weiterverwenden können, solange es sich dabei nur um Daten handelt und nicht ausführbare Inhalte.
Die Daten auf der int. Platte musst Du irgendwie sichern. Da hättest Du Dir aber auch schon vorher Gedanken drüber machen müssen, was machst Du denn bei einem Plattencrash? Kopier relevante Daten auf die ext. Platte oder brenn es auf CD/DVD.

Wird der Trojaner nicht auch auf der ext. Festplatte aktiv wenn ich Spiele, Programme oder auch Musik auf sie kopiere.

Rein theoretisch könnten alle Dateien manipuliert worden sein, ist aber eher unwahrscheinlich. Bevor Du die gesicherten Daten in das neue System zurückspielst/ausführst, wäre es ratsam, die mit einem tagesaktuellen Virenscanner zu prüfen. Wenn Du ganz sicher gehen willst, dann schmeiß die ausführbaren Dateien weg.

Aktueller Viren Scanner wie AntiVir?

Wie lange dauert eine Formatierung einer Partition? (ist Partition Magic hilfreich)

AntiVir sollte reichen, bei Paranoia kannste nochmal mit eScan ein weiteres Mal prüfen
Das Formatieren erledigt man im Windows-Setup. Schau Dir doch dazu mal Calebs Windows-XP-Installguide an. Quickformat reicht aus, das dauert wenige Sekunden.