Die Windows-Installation nämlich ein Problem mit sich gebracht: Es wurde die alte Windows-Installation auf die Festplatte kopiert. Das konnte ich nicht verhindern.

Das ist doch Unsinn. Du hast falsch installiert, das war keine Neuinstallation.
Du musst im Windows-Setup auch alle Partitionen auf der internen Disk löschen und neu anlegen.

Du musst die ganze Prozedur nun nochmal machen. Und den Stick darfst du auch neu erstellen, weil der in Kontakt mit dem versifften System gekommen ist.

Ganz wichtig dabei auch: er muss von dem Windows Installationsstick booten, nicht dessen Setup.exe unter Windows starten. Und wie cosinus schon schrieb, wenn der Stick gebootet hat, alle bisherigen Partitionen löschen mit dem Setup des gebooteten Sticks.