1. Ich denke, diese Empfehlung ist als Alternative zu deinem Vorgehen mit Disinfec't gedacht. Das mit dem abgesicherten Modus wundert mich ein bisschen, wurde das hier am TB empfohlen?
Aber mach es ruhig mit Disinfec't. Achte aber darauf, dass das Aktualisieren der Signaturen unmittelbar vor dem Scan stattfindet und funktioniert! Auf alten Daten ist zwar eher alte Schadware, aber die neuesten Signaturen und Erkennungsmechanismen sind trotzdem am besten.
2. Da gerade ClamAV, aber auch Avira viele Fehlalarme produziert und das grundsätzlich bei jedem Virenscanner passieren kann, würde ich im Normalfall immer sagen: Umbenennen bzw. Quarantäne. Da du aber sagst, deine Daten sind eh zu 90% Schrott, sage ich in diesem Fall: weg damit, wenn es sich nicht um etwas handelt, was du erkennst und behalten möchtest.
3. Wenn du Autorun so gelassen hast, wie es war, dürfte das ungefährlich sein (abgesehen von versehentlichen Doppelklicks).
4.keine Ahnung.

Super, vielen Dank, das hilft mir schon mal enorm weiter!

Das mit dem abgesicherten Modus wundert mich ein bisschen, wurde das hier am TB empfohlen?

Ja, vielleicht war das aber auch tatsächlich ein Missverständnis.

Sind bei alter Schadware eigentlich überhaupt alle vier Scanner notwendig oder kann man recht sicher davon ausgehen, dass seinerzeit für XP etc. geschriebene Malware eh von allen erkannt wird? Der "Easy-Scan"-Modus (nur Avira) geht ja echt fix, bei allen zusammen braucht das durchaus mal Tage. Wobei ich bei einem Teil der Daten schon auf Nummer Sicher gehen werde. Bei den DVD-Verzeichnissen ist das aber vielleicht übertrieben.

... würde ich im Normalfall immer sagen: Umbenennen bzw. Quarantäne.

Ok, dann halte ich das auch so. Sicher ist sicher, und Platzmangel ist ja nun nicht so das Problem.

3. Wenn du Autorun so gelassen hast, wie es war, dürfte das ungefährlich sein (abgesehen von versehentlichen Doppelklicks)

Sehr wertvolle Info, danke! Dann kann ich die Hardware-Verschlüsselung der HDDs* auch schon mal im unbereinigten Zustand aktivieren, was nur unter Windows möglich ist. Hatte mich das bislang nicht getraut. Versehentliche Doppelklicks werde ich zu vermeiden wissen.

Edit: Bloßes Kopieren und Verschieben ggf. infizierter Dateien unter Windows kann dann auch noch keinen Schaden anrichten?

( *Ich weiß, es gibt bessere Verschlüsselungsmethoden, hab mich aber aus diversen Gründen dennoch für diese Variante entschieden.)