Zu Menüeinträgen in LXDE hilft nur Google:
Menüeditor ? Wiki ? ubuntuusers.de LXDE - Menüeinträge entfernen + wo sind Einstellungen gespeichert? ? LXDE und andere Fenstermanager ? Forum ? ubuntuusers.de
In Bezug auf das Editieren und Einstellen ist LXDE nicht ganz so komfortabel wie "die Großen" KDE und Gnome... dafür ist LXDE sehr klein und sehr schnell.
Beim Deinstallieren von Anwendungen bleiben tatsächlich Konfigurationsdateien zurück (schadet nicht) und installierte Bibliotheken. Die schaden aber bei heutigen Rechnern nicht mehr: sie kosten keine Rechenzeit, nur etwas Plattenplatz und von dem nicht allzuviel => beim Versuch das manuell aufzuräumen machst du mehr kaputt als wenn du es einfach lässt.